राष्ट्र की सेनाओं के लिए उपयोगी उत्पादों के विकास द्वारा इसके योगदान को मान्यता देते हुए, सीएआईआर को कड़ी प्रतियोगिता के चलते निम्नलिखित प्रतिष्ठित पुरस्कार प्राप्त हुए हैं:
- सिलिकॉन ट्रॉफी - 2005 - डीआरडीओ की सर्वश्रेष्ठ सिस्टम प्रयोगशाला होने के नाते
- टेक्नोलॉजी स्पिन-ऑफ़ पुरस्कार - 2004
- आत्मनिर्भरता के लिए अग्नि पुरस्कार - 2003, 2005, 2006, 2008, 2010, 2011, 2013, 2014
उपरोक्त के अतिरिक्त, सीएआईआर के वैज्ञानिकों/स्टाफ ने उनके योगदान के मान्यता स्वरूप निम्नलिखित पुरस्कार प्राप्त किए हैं
- सर्वश्रेष्ठ टेक्नो मैनेजेरियल सर्विसेस / लोकप्रिय विज्ञान संचार 2014
- उत्कृष्ट प्रदर्शन पुरस्कार 2008, 2009, 2013, 2014
- उत्कृष्ट तकनीकी योगदान के लिए सीईआरडीईसी पदक 2010
- चीफ ऑफ आर्मी स्टाफ कमेंडेशन 2009
- इंस्टिट्यूट ऑफ़ इंजीनियर्स सुमन शर्मा पुरस्कार 2007
- सर्वश्रेष्ठ प्रदर्शन पुरस्कार 2006, 2008, 2011
- यंग साइंटिस्ट ऑफ़ द ईयर पुरस्कार 2003, 2013
- साइंटिस्ट ऑफ़ द ईयर पुरस्कार 2003, 2006, 2007, 2009, 2010, 2011, 2013,2015
- बीईएल एफवे 2004-2005 की ओर से आरएंडडी उत्कृष्टता पुरस्कार
- मैकेनिकल इंजीनियरिंग डिजाइन पुरस्कार 2003
- मार्कोनी इंटरनेशनल फेलोशिप यंग साइंटिस्ट पुरस्कार 1997
- आईएनएई यंग इंजिनियर पुरस्कार 1996
- डीआरडीओ टेक्नोलॉजी पुरस्कार 1995, 1996